È la fine del 26° secolo. La terra si sta riprendendo da un'esplosione catastrofica che secoli fa ha sterminato la maggior parte della popolazione e ha reso la maggior parte della superficie inabitabile a causa delle condizioni meteorologiche ultraterrene. Gli umani sopravvissuti si sono divisi in quattro ideologie radicalmente diverse, chiamate Sentieri, per costruire il mondo come meglio credono: Armonia, Domino, Progresso, e Salvezza. I seguaci dei quattro Sentieri vivono in una pace fragile, ma in un quasi completo isolamento l'uno dall'altro. Il loro unico punto d'incontro è l'ultima grande città sulla Terra, adesso conosciuta solo come la Capitale.

Potenziando le misteriose Fratture Temporali che si sono aperte sulla scia del cataclisma, ciascun Sentiero è in grado di ritornare a specifici momenti del proprio passato. Così facendo possono accelerare notevolmente i loro progressi, ma un'eccessiva intromissione può mettere in pericolo il continuum spazio-temporale. Ma il progresso è più importante che mai: se si deve credere al misterioso messaggio che arriva attraverso la Frattura Temporale, un cataclisma ancora più terribile si profila all'orizzonte: un asteroide che porta una misteriosa sostanza chiamata Neutronio si dirige verso la Terra. Ancora più strano, gli scienziati hanno dimostrato che la firma energetica dell'asteroide corrisponde all'esplosione di secoli fa...

Anachrony dispone di un sistema unico di collocamento lavoratori a due livelli. Per viaggiare nella Capitale o per avventurarsi nelle aree devastate per le risorse, i giocatori hanno bisogno non solo di vari specialisti (Ingegneri, Scienziati, Amministratori, e Geni) ma anche di Esoscheletri per proteggerli e migliorarli — ed entrambi scarseggiano.